ERN CRANIO se zabývá sedmi oblastmi práce („pracovními balíčky“), které se vztahují na všechny tři diagnostické skupiny, jež síť pokrývá (1. Kraniosynostóza a další kraniofaciální anomálie 2. Rozštěp rtu/patra a orodentální anomálie 3. ORL onemocnění).