ERN CRANIO -verkosto toimii seitsemällä työalueella (”työpaketit”), jotka koskevat kaikkia kolmea verkoston sisältämää diagnostista ryhmää (1. Kraniosynostoosi ja muut kraniofasiaaliset epämuodostumat 2 Huuli-/suulakihalkiot ja orodentaaliset epämuodostumat 3 KNK-häiriöt).