Το ERN CRANIO ασχολείται με επτά τομείς («πακέτα εργασίας») που αφορούν και τις τρεις διαγνωστικές ομάδες που καλύπτονται από το δίκτυο (1. Κρανιοσυνοστέωση και άλλες κρανιοπροσωπικές ανωμαλίες 2. Σχιστία χείλους/υπερώας και στοματοδοντικές ανωμαλίες 3. Ωτορινολαρυγγολογικές παθήσεις).