Az ERN CRANIO hét munkaterületen („munkacsomagban”) vesz részt a hálózat által lefedett mindhárom diagnosztikai csoport kapcsán (1. kranioszinosztózis és más kraniofaciális anomáliák 2. nyúlszáj/farkastorok és más szájüregi anomáliák 3. fül-orr-gégészeti rendellenességek).