Sieć ERN CRANIO angażuje się w siedem obszarów roboczych („pakietów roboczych”) mających zastosowanie we wszystkich trzech grupach diagnostycznych objętych siecią (1. Kraniosynostoza i inne anomalie twarzoczaszki 2. Rozszczep wargi/podniebienia i anomalie orostomatologiczne 3. Schorzenia ENT).