ERN CRANIO pracuje v siedmich oblastiach práce („pracovné balíky“), ktoré sú použiteľné pre všetky tri diagnostické skupiny zahrnuté v sieti (1. Kraniosynostóza a iné kraniofaciálne anomálie 2. Rozštiepené pery/podnebie a orodentálne anomálie 3. Poruchy ORL).